Die Geschichte des Münchner Motettenchores beginnt nicht mit einem offiziellen Gründungsakt, sondern mit einer musikwissenschaftlichen Vorlesungsreihe an der Universität München. Hans Rudolf Zöbeley (1931-2007), Doktorand am Lehrstuhl, sollte sich um die passenden Musikbeispiele kümmern. Thema der Vorlesung war Heinrich Schütz, und so studierte Zöbeley mit einer Gruppe Studenten Motetten des Komponisten ein. „Am Ende des Semesters wiederholten wir alle geprobten Stücke als Konzert in der Matthäuskirche, denn wir wollten nicht einfach so auseinandergehen“, erinnert sich der Chorgründer später in einem Interview. Der Grundstein für einen der bedeutendsten Konzertchöre der Stadt war gelegt.

Vieles, was den Chor heute auszeichnet, geht auf diese Zeit zurück. So trägt der Chor seinen musikalischen Ursprung noch immer im Namen: Münchner Motettenchor. Ebenso geblieben ist die enge Verbundenheit zur St. Matthäuskirche, wo er seine Proben hält und regelmäßig in Konzerten und Gottesdiensten auftritt.

Das ursprüngliche Repertoire, die Chormusik des 15. bis 17. Jahrhunderts, erweiterte sich hingegen bereits nach kurzer Zeit deutlich und umfasst heute nahezu die gesamte Bandbreite der Chorliteratur aus mehr als vier Jahrhunderten – von Lasso und Monteverdi bis Britten und Strawinsky. Gleichzeitig trat der Motettenchor immer häufiger auf den großen Bühnen der Stadt vor sein Publikum. Bereits nach wenigen Jahren folgten erste Reisen ins Ausland: zunächst nach Italien oder Österreich, später bis nach Argentinien und Brasilien.

Einen besonderen Stellenwert im Repertoire haben Orffs Carmina Burana, die der Chor seit 1972 bereits mehr als 40 Mal und auf drei Kontinenten gesungen hat – unter anderem open air in São Paulo vor mehr als 5.000 Zuschauern oder 1995 zum hundertsten Geburtstag des Münchner Komponisten vor mehr als 10.000 Menschen auf dem Marienplatz.

1997 reichte Zöbeley nach 37 Jahren die Leitung des Münchner Motettenchores an seinen Nachfolger Hayko Siemens (*1954) weiter, der viele Traditionen des Chores fortführte. 2002 unternahm der Motettenchor unter seinem neuen Dirigenten und auf Einladung des Altana-Konzerns eine Weltreise mit Konzerten in São Paulo, New York, Mexiko City und Shanghai.

Zugleich entwickelte Siemens die Programmstruktur weiter und setzte neue Akzente. Besonders hervorzuheben ist die Uraufführung des Oratorium Joram aus der Feder des deutsch-israelischen Komponisten Paul Ben-Haim. Das Werk war bereits 1933 entstanden, aufgrund der politischen Ereignisse dieser Zeit und der erzwungenen Emigration des Komponisten aber nie aufgeführt worden – bis zum Jahr 2008, als der Motettenchor Ben-Haims Musik zum 70. Jahrestag der Reichspogromnacht erklingen ließ. Dem Konzert in München folgte vier Jahre später eine gemeinsame Aufführung mit dem Israel Philharmonic Orchestra in Tel Aviv.

In der Saison 2013/2014 trennten sich nach 15 gemeinsamen Jahren die Wege von Hayko Siemens und dem Münchner Motettenchor. Seitdem leitet Benedikt Haag den Chor.